Tháng 3 ÂL năm thứ 27 (1599), Hóa Long được khởi dùng chức quan cũ, làm Tổng đốc Hồ Quảng, Xuyên, Quý quân vụ kiêm Tuần phủ Tứ Xuyên, đánh dẹp thủ lãnh nổi loạn là Bá Châu [8] Tuyên úy sứ Dương Ứng Long. Họ Dương đánh bại người Nam Chiếu, cát cứ Bá Châu từ năm Càn Phù thứ 3 (876) đời Đường, quy phụ nhà Minh vào năm Hồng Vũ thứ 5 (1372), truyền đến Dương Ứng Long là thủ lãnh đời thứ 29, thế hệ thứ 28. Ứng Long tính nghi kỵ, hung tợn lại ham giết chóc; từng vài lần tòng chinh nên cậy công láo lếu, biết binh Tứ Xuyên yếu ớt, ngầm sanh chí cát cứ đất Thục, lén lút cướp bóc châu, huyện. Ứng Long yêu vợ lẽ Điền Thư Phượng, nghe lời gièm mà giết vợ cả Trương thị, rồi giết cả nhà vợ; hắn quen thói giết chóc để ra oai, khiến 7 họ (tính) 5 thổ ty dưới quyền không chịu nổi sự bạo ngược ấy, cùng chạy đến Quý Châu tố giác. Tuần phủ Diệp Mộng Hùng dâng sớ đề nghị đánh dẹp, nhưng triều đình không đồng ý, đòi bắt Ứng Long vào ngục ở Trùng Khánh. Ứng Long vờ tham gia cứu viện Triều Tiên để chuộc tội, nên được tha về; đến khi triều đình muốn bắt lại, hắn không ra khỏi Bá Châu nữa. Tứ Xuyên tuần phủ Vương Kế Quang phát binh đánh dẹp, nhưng gần như toàn quân bị tiêu diệt ở ải Bạch Thạch Khẩu [9], còn Ứng Long đổ tội cho người Miêu. Bấy giờ nhà Minh đông – tây dùng binh, không đủ lực lượng để trấn áp, nên phải chiêu phủ Bá Châu. Ứng Long cấu kết với tộc Sanh Miêu, cướp đất của 7 họ 5 thổ ty, chiếm 48 đồn ở Hồ Quảng cứ như là được triều đình ban cho, tiếp tục cướp bóc. Tháng 2 ÂL ấy, phản quân đánh bại quan quân ở Phi Luyện bảo [10], Đô tư Dương Quốc Trụ, Chỉ huy Lý Đình Đống đều chết. Sau đó phản quân phá Kỳ Giang, giết chết Tham tướng Phòng Gia Sủng, Du kích Trương Lương Hiền, ném thây lấp hạ du Trường Giang. Quân sư Tôn Thì Thái của phản quân đề nghị đánh chiếm Trùng Khánh, công kích Thành Đô, bắt Thục vương làm con tin; nhưng Ứng Long lần lữa, đánh tiếng mình chỉ tranh giành địa giới, mong muốn sẽ được xá miễn như trước kia. Hóa Long đến Thành Đô, quân đội chưa đến, nên vờ vịt ứng đối với hắn ta.

Minh Thần Tông nghe tin Kỳ Giang bị phá thì cả giận, truy lột chức của Tứ Xuyên, Quý Châu tuần phủ tiền nhiệm là Giang Đông tuần phủ Đàm Hi Tư, rồi ban cho Hóa Long kiếm, tạm được phép tùy nghi dẹp giặc. Phản quân đốt dịch trạm Đông Pha [11], Lạn Kiều [12], tắt nghẽn thông lộ Hồ Quảng, Quý Châu, lại đốt huyện Long Tuyền [13], đuổi Đô tư Dương Duy Trung. Hóa Long hặc chư tướng không làm tròn chức trách, Thẩm Thượng Văn bị bắt giam, Đồng Nguyên Trấn, Lưu Đình đều bị cách chức, sung làm sự quan. Quan quân tập hợp xong, Hóa Long trước tiên truyền hịch cho 3 vạn binh người Miêu ở Thủy Tây [14] giữ Quý Châu, cắt đứt liên hệ của người Miêu với Bá Châu, rồi dời đi Trùng Khánh, hội thề với đại quân ở đấy.

Tháng 2 ÂL năm sau (1600), Hóa Long chia 8 đạo tiến binh; quân đội Tứ Xuyên có 4 lộ: 1. Tổng binh quan Lưu Đinh từ Kỳ Giang xuất phát, 2. Tổng binh quan Mã Khổng Anh từ Nam Xuyên xuất phát, 3. Tổng binh quan Ngô Quảng từ Hợp Giang [15] xuất phát, 4. Phó tướng Tào Hi Bân chịu sự chỉ huy của Quảng, từ Vĩnh Ninh (châu) [16] xuất phát; quân đội Quý Châu có 3 lộ: 1. Tổng binh quan Đồng Nguyên Trấn từ Ô Giang (cửa quan) [17] xuất phát, 2. Tham tướng Chu Hạc Linh chịu sự chỉ huy của Nguyên Trấn, thống lãnh Thủy Tây Tuyên úy sử An Cương Thần từ Sa Khê (thôn) [18] xuất phát, 3. Tổng binh quan Lý Ứng Tường từ Hưng Long [19] xuất phát; quân đội Hồ Quảng chỉ có 1 lộ, chia làm 2 cánh: Tổng binh quan Trần Lân từ Thiên Kiều (vệ) [20], Phó tổng binh Trần Lương Bỉ chịu sự chỉ huy của Lân, từ Long Tuyền xuất phát. Mỗi lộ có 3 vạn binh, tỷ lệ quan binh/thổ binh là 3/7. Quý Châu tuần phủ Quách Tử Chương trú đóng Quý Dương, Hồ Quảng tuần phủ Chi Khả Đại dời đi Nguyên Châu [21], Hóa Long tự nắm trung quân tiếp ứng. Minh Thần Tông cho rằng Hồ Quảng quá rộng, bèn cất nhắc Giang Đạc làm Thiêm đô ngự sử, Tuần phủ Thiên (Thiên Kiều), Nguyên (Nguyên Châu). Như thế nhà Minh đặt ra chức Thiên Nguyên tuần phủ ở hành tỉnh Hồ Quảng, bắt đầu từ Giang Đạc.

Thôi quan [22] Cao Chiết Chi trước đó đã đem binh Nam Xuyên tiến chiếm trấn Tang Mộc, đến nay Lưu Đinh lại từ Kỳ Giang tiến vào. Dương Ứng Long đem 2 vạn binh tinh nhuệ giao cho con trai là Dương Triều Đống, nói rằng: “Mày phá Kỳ Giang, đuổi đến Nam Xuyên, đốt hết kho lẫm, khiến chúng không thể bao vây.” Nhưng phản quân không địch nổi các lộ quan quân, liên tục đại bại, Ứng Long dậm chân than rằng: “Mình không theo kế của Tôn Thì Thái, bây giờ chết rồi!” Có lời đồn binh người Miêu của Thủy Tây giúp đỡ phản quân, Hóa Long cật vấn An Cương Thần, chém sứ giả của phản quân, khiến 2 họ An – Dương cắt đứt quan hệ. Nghe tin quan quân ở Ô Giang thua trận, Hóa Long bắt giam chủ tướng Đồng Nguyên Trấn, khiến chư tướng càng thêm cố gắng. Lưu Đinh tiến vào Lâu Sơn quan [9], đến thẳng Hải Long độn [23], binh của Trần Lân, An Cương Thần cũng đến. Phản quân nguy cấp, trèo lên độn tử thủ, sai sứ trá hàng. Hóa Long truyền hịch cho chư tướng chém sứ giả, đốt thư; ông cho rằng Lưu Đinh với Ứng Long là bạn cũ, khuyên dụ ông ta không được liên hệ với phản quân, Đinh răn đe người của mình để biểu thị bản thân trong sạch. 8 lộ quan quân đều hội họp dưới độn, dựng rào dài vây khốn, luân phiên tấn công. Tháng 6 ÂL, Lưu Đinh phá 2 thành Thổ, Nguyệt, Ứng Long cùng quẫn, cùng 2 người thiếp treo cổ. sáng hôm sau, quan quân vào thành, bắt cả bảy con trai của hắn ta. Triều đình giáng chiếu phanh thây Ứng Long và Dương Triều Đống ở chợ. Từ khi ra quân đến lúc dẹp xong phản quân, mất cả thảy 114 ngày, kết thúc hơn 700 năm cát cứ Bá Châu của họ Dương.

Ban đầu Hóa Long nghe tin cha mất, nhưng đang có chiến sự nên được khởi phục, đến nay mới xin về chịu tang.